Die politische Notwendigkeit sich in Umwelt, Raumordnungs- und Gewässerschutzfragen grenzübergreifend abzustimmen, bildete in den 1960er und 1970er Jahren den Ausgangspunkt für die aktuelle Kooperation der Bodensee-Anrainerländer und -Kantone.

In der Praxis der Zusammenarbeit stellte sich bald heraus, dass organisatorische Reformen notwendig waren, um der ständig zunehmenden Zahl an Themen- und Regelungsbereichen gerecht zu werden. So wurden 1979 ein Ständiger Ausschuss und Kommissionen zu bestimmten Sachgebieten eingerichtet.

Entscheidend für die Vertiefung und Institutionalisierung der IBK war auch die Verabschiedung eines Statuts und eines Leitbilds an der Regierungschefkonferenz 1994 in Meersburg. Außerdem wurde in Konstanz das REGIO-Büro als Informations- und Beratungsstelle für grenzüberschreitende Fragen eingerichtet mit dem Ziel, die Zusammenarbeit zu intensivieren und das gemeinschaftliche Bewusstsein in der Bodenseeregion zu stärken.

Gründungsmitglieder der IBK waren zunächst die schweizerischen Kantone St. Gallen, Thurgau, Schaffhausen, die Deutschen Bundesländer Baden-Württemberg und Bayern und das Land Vorarlberg, Österreich. Im Jahr 1993 kamen die beiden Halbkantone Appenzell Innerrhoden und Appenzell Ausserrhoden hinzu. Mit der Aufnahme des Kantons Zürich und des Fürstentums Liechtenstein (bis dahin Beobachter) im November 1998, erhöhte sich die Mitgliederzahl der IBK auf zehn Länder und Kantone aus vier Nationalstaaten.

Zu Beginn des Jahres 2003 nahm die IBK-Geschäftsstelle als Nachfolgerin des REGIO-Büros ihren Dienst in denselben Räumlichkeiten im Landratsamt in Konstanz auf. Sie sorgt seitdem für eine effiziente und professionelle Zusammenarbeit innerhalb der IBK-Gremien und hat wichtige Kontakt- und Koordinationsaufgaben sowohl nach innen als auch nach außen. 

Mit der Fortschreibung des Bodenseeleitbilds 1994 legten die Regierungschefs den Fokus stärker auf dessen Umsetzung. Das Leitbild der IBK für den Bodenseeraum 2008 wurde deshalb um einen Maßnahmenkatalog ergänzt, der regelmäßig aktualisiert wurde und einem Controlling unterlag.

Mit dem IBK-Kleinprojektefonds, der 2010 mit einer Pilotphase startete, fördert die IBK grenzüberschreitende Begegnungsprojekte von Einzelpersonen, Gruppen, Vereinen, Gemeinden, Schulen und ähnlichen Einrichtungen der Zivilgesellschaft mit bis zu 2.500 Euro, um den interkulturellen Austausch zu stärken. 2015 wurde der IBK-Kleinprojektefonds um eine zweite Förderschiene von Interreg-Kleinprojekten erweitert, die eine Förderung bis zu 25.000 Euro erhalten können und auf dauerhafte Kooperationen mit langfristigen Wirkungen abzielen. Die Koordination des Fonds liegt bei der IBK-Geschäftsstelle. Der Kleinprojektefonds 2021 bis 2027 befindet sich derzeit in der Neukonzeption. 

Im Jahr 2012 konnte die IBK auf ihr 40-jähriges Bestehen zurückblicken. Zu diesem Anlass wurde die bewegte Geschichte der IBK durch Interviews mit Zeitzeugen filmisch festgehalten und dokumentiert.

Am 15. Dezember 2017 haben die IBK-Regierungschefs mit einem partnerschaftlich orientierten Leitbild und Strategie der IBK für den Bodenseeraum ihre längerfristigen Ziele mit Zielhorizont 2030 erneuert. Zugleich wurden darin die strategischen Schwerpunkte für die Jahre 2018-2022 festgelegt.

Im Jahr 2022 kann die IBK ihr 50-jähriges Bestehen feiern. Um diesen Meilenstein würdig zu begehen, verabschiedeten die Regierungschefs im Jahr 2020 ein umfassendes Konzept für das Jubiläumsjahr "Auf Kurs seit 1972". Die übergeordnete Leitidee lautet "Begegnung und Vernetzung" und spiegelt das seit vielen Jahren geltende Kredo der IBK wieder: "grenzenlos-kreativ-vernetzt".