Die Arbeitsgruppe Landwirtschaft/Gewässerschutz (AG) wurde 1996 von der Internationalen Bodensee Konferenz (IBK) einberufen. Ihr ursprünglicher Auftrag war es, Freiflächen (Gebiete, welche nicht als Siedlungsgebiete verstanden werden können) des IBK-Raums auf mögliche Konfliktpotentiale im Bereiche Landwirtschaft und Gewässerschutz zu untersuchen und aufzuzeigen. Damit sollte länderübergreifend ein harmonisierter Vollzug im Bereich Landwirtschaft und Gewässerschutz gefördert werden.
2006 wurde die Arbeitsgruppe von der Kommission Umwelt mit einem neuen Schwerpunkt in Landwirtschaft / Umweltschutz umbenannt. Den aktuellen Arbeitsschwerpunkt der AG bilden die landwirtschaftlichen Ammoniak- und Feinstaubemissionen (Laufzeit 2008 bis 2010).
