Die Arbeitsgruppe Landwirtschaft/Gewässerschutz (AG) wurde 1996 von der Internationalen Bodensee Konferenz (IBK) einberufen. Ihr ursprünglicher Auftrag war es, Freiflächen (Gebiete, welche nicht als Siedlungsgebiete verstanden werden können) des IBK-Raums auf mögliche Konfliktpotentiale im Bereiche Landwirtschaft und Gewässerschutz zu untersuchen und aufzuzeigen. Damit sollte länderübergreifend ein harmonisierter Vollzug im Bereich Landwirtschaft und Gewässerschutz gefördert werden.
2006 wurde die Arbeitsgruppe von der Kommission Umwelt mit einem neuen Schwerpunkt in Landwirtschaft / Umweltschutz umbenannt. Den Arbeitsschwerpunkt der AG bilden die landwirtschaftlichen Ammoniak- und Feinstaubemissionen. Das Projekt wurde mit einer Fachtagung "Weniger Ammoniak aus der Landwirtschaft: Wie kommen wir ans Ziel?" und der Präsentation der Ergegnisse Mitte 2011 abgeschlossen.
